Tatsumi es un chico de campo que llega a la capital del Imperio para alistarse en el ejército. Su intención es ascender rápidamente para poder ganar dinero y salvar a su pueblo del hambre debido a los grandes impuestos que tienen que pagar. Pero cuando llega a la ciudad se da cuenta que no todo es como él esperaba. Debido a una serie de acontecimientos deberá enfrentarse a un grupo de sicarios conocido como Night Raid, pero la capital esconde secretos que Tatsumi jamás podría imaginar...
Saya es la última de los vampiros en este mundo. El ejercito de los Estados Unidos la protege y usa para cazar a unos seres de apariencia humana, que se alimentas de la sangre humana llamados "quirópteros". En su última misión, Saya debe cazar a una de estas bestias que parece estar atacando a miembros de una base naval norteamericana en Japón. Antes de poder matarlo, Saya primero tiene que saber quién es el quiróptero, y se ve forzada a acudir como alumna a la escuela de la base.
El joven Seita y su pequeña hermana Setsuko son hijos de un oficial de la marina japonesa. Durante la Segunda Guerra Mundial, ambos viven con su madre, pero un día, en un bombardeo, ellos se retrasan y no consiguen llegar al bunker donde ella los espera. Después del bombardeo los dos hermanos buscan a su madre, y Seita la encuentra muy malherida en la escuela que ha sido convertida en un hospital de urgencia. Poco después la madre muere y, tras una breve estancia en casa de su tía, ambos vagarán sin casa y sin rumbo, en una época donde la comida y la ayuda escasean.
Kannazuki no Miko es la historia de Himeko y Chikane, la reencarnación de las sacerdotisas del sol y la luna respectivamente. Ambas son alumnas de secundaria, en la presitigiosa Academia Ototachibana situada en Mahoroba, Japón. Cuando un mal ancestral se alza nuevamente, las chicas son absorbidas por el destino en el instante que el espíritu de las sacerdotisas que llevaban dentro, despierta para defender el mundo contra los Orochi. Cuando los Orochi despiertan, es el primero de octubre (el mes sin Dios), que casualmente es el día de cumpleaños de Himeko y Chikane. El primer Orochi que intenta matar a las sacerdotisas es Sōma Ōgami, un joven enamorado de Himeko. Sin embargo, luego de una luz cegadora vuelve en si, rechaza su destino como Orochi, y jura proteger a Himeko de los otros como el hasta las últimas consecuencias. Las sacerdotisas deberán despertar el Ame no Murakumo para salvar el mundo, mientras Sōma combate los esfuerzos de los Orochi por asesinarlas. El manga detalla más la relación entre Himeko y Chikane, pero le da un rol menos importante en la trama que el anime. Al final, Himeko elige ser encarcelada para siempre con Chikane en el santuario de la luna. Unos años después nacen dos gemelas que en realidad son Himeko y Chikane.