La historia comienza en una ciudad llamada Romdo en la cual habitan humanos y unos robots denominados Autoraves, pero luego ocurren una serie de asesinatos causados por Autoraves infectados con un virus denominado Cogito, el cual dota de emociones a los robots. Vincent un inmigrante encargado de eliminar autoraves infectados se ve involucrado con uno llamado PINO la cual es acusada de causar la infección en la ciudad. Mediante las investigaciones Lil Mayer llega a Vincent del cual se desconoce su pasado, mientras tanto Vincent y pino son expulsados de romdo , Lil comienza a dudar sobre las leyes de la ciudad y decide ir a buscarlo lo que la lleva a comenzar un viaje lleno de secretos y situaciones inesperadas junto a Vincent y pino por el mundo en busca del pasado de Vincent, donde descubrirán a un mundo debastado pero con vida y a unos humanoides denominados Proxys que pueden ser la salvación del mundo.
Yasaka, un chico de 13 años, está pasando el verano en casa de su abuelo Cierto día entra en una tienda y conoce a Arashi, una preciosa chica de 16 años que trabaja allí. Tras proteger a Arashi de un hombre que dice ser enviado por la familia de ésta para llevársela a la fuerza, Yasaka y Arashi huyen y acaban viviendo juntos. No pasará mucho tiempo antes de que Yasaka descubra que su nueva amiga no es una chica corriente pues posee unos misteriosos poderes. La trama se complica cuando nuestro protagonista encuentra una vieja foto de Arashi y otra chica llamada Kaja. Y más aún cuando ésta aparece y Yasaka comprueba que el aspecto de ambas no ha cambiado en absoluto desde que fue tomada la fotografía. Dos nuevos personajes entran en juego: una mujer, cuyo nombre no ha sido revelado todavía y que, según los rumores, es una gran artista y Kamigamo, una estudiante de la edad de Yasaka que trabaja junto a él y que, a pesar de ser una chica, se viste y se refiere a sí misma como un chico. Hasta ahora Kaja es la única que conoce su secreto.
Hace siete años el ultimo pariente de Amakawa Yuuto murió, dejándolo a él solo sin ningún familiar a su lado. Desde entonces su amiga de la infancia, Kuzaki Rinko, lo ha cuidado. Su abuela le dejo un amuleto misterioso, una bola roja, dado como amuleto de buena suerte (un Omamori).En su cumpleaños número 16, este amuleto desaparece misteriosamente, y en su vida aparece Himari. Una joven espíritu gato samurai y cazadora de demonios la cual jura proteger a Yuuto. Sólo hay un problema, Yuuto es fuertemente alérgico a los gatos.
Sekirei: Pure Engagement es la continuación de la primera temporada. Sigue el flojo pero inteligente Minato Sahashi que se vuelve el maestro de una chica llamada Musubi, Una de las 108 Sekirei. Ellas son bishoujous y bishounens que pelean en una competencia llevada a cabo por la misteriosa corporación MBI.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
Con la mayoría de las ciudades de la Tierra bajo el agua debido al increible aumento del calentamiento global seguido de una tercera guerra mundial que trajo desgracia y confusión a la gente, las empresas militares privadas son una de las pocas organizaciones restantes en ofrecer la aplicación de la ley y la auto-defensa para la protección de las ciudades que están tratando de reconstruirse de la guerra y las inundaciones.
