Akina, Hime, Kotoha y Ao son los cuatro miembros de la Hiizumi Seikatsu Soudan Jimusho (Oficina de Consulta Diaria sobre la vida de Hiizumi), que, además de ayudar a niños de guardería acuerdo con los tiempos difíciles que corren, se esfuerzan por preservar la paz de su pequeña ciudad, Sakurashin, dando caza a los alborotadores que se atreven a amenazar la paz que reina en sus calles.
En el pasado Yugi Yami y Kaiba se han enfrentado en numerosas ocasiones. Yami Yugi, que reside en el cuerpo de Yugi Muto, y Kaiba, tendrán un duelo en el que apostarán su orgullo y con el que aceptarán la experiencia del otro.
Fuyuzora Kogarashi tiene habilidades espirituales, y ha sido poseído por fantasmas desde que era un niño. Esto ha causado un montón de problemas en su vida, pero ahora ha aprendido a luchar contra los malos espíritus. Por desgracia, él ahora es muy pobre, no tiene hogar ni la esperanza de una vida feliz, más normal e ir a la escuela secundaria. En su búsqueda de una vivienda, encuentra un casa de huéspedes muy barata llamada Yuragi-sou, que anteriormente era un lugar popular de aguas termales. Es tan barato el alquiler porque allí habita un espíritu de un estudiante de secundaria cuyo cadáver fue encontrado allí. Kogarashi no cree que esto vaya a ser un problema para él, ya que el resto de sus inquilinos son mujeres atractivas. Mientras se relaja en las aguas termales, encuentra un problema; El fantasma de Yuragi-sou es una chica de 16 años llamada Yuuna, que vive en su habitación. Kogarashi no tiene ningún deseo de hacerle daño a una chica fantasma, y en su lugar termina por aceptar ayudarla a poder pasar a la otra vida antes de caer en el mal e ir al infierno. Una vez que está bien con Yuuna, los otros inquilinos revelan sus propios secretos sobrenaturales, y así su vida en Yuragi-sou va a ser lejos de ser algo normal.
El protagonista de la historia es James Moriarty, el famoso antagonista de la serie Sherlock Holmes de Sir Arthur Conan Doyle. En el manga, es un huérfano que asume el nombre de William James Moriarty cuando él y su hermano menor son adoptados en la familia Moriarty. Cuando es adulto, busca eliminar los males causados por el estricto sistema de clases de Inglaterra.
El protagonista de la serie es Yusaku Fujiki, un estudiante inteligente y con grandes habilidades como hacker. Tiende a mantener la calma en cualquier situación y es muy rápido juzgando estas, determinando sin fallar los pensamientos de su interlocutor. Su monstruo principal es el “Decode Talker”, el cual porta una espada gigante. Cuando Yusaku entra en los espacios virtuales en los que se realizan los duelos se transforma en el “Playmaker”, donde monta sobre una tabla de surf mientras juega.
La historia tiene lugar en un futuro próximo en el cual la Tierra ha sido invadida por extrañas criaturas que emergen de los cinco llamados “Puntos Negros“, puertas interdimensionales conectadas a mundos paralelos. El objetivo de la invasión es eliminar otros mundos paralelos para así aumentar la posibilidad de converger en un mismo futuro. Para contraatacar y defender el planeta, cinco adolescentes serán los responsables de invocar a héroes y monstruos mediante unos dispositivos de cartas llamados Z/X.