La historia de estas novelas giran en torno a Yuushi Inaba, un joven de 16 años cuyos padres fallecieron hace ya tres años. Tras vivir en la casa de su tío, decide trasladarse a la residencia de su instituto. Esos planes se ven truncados cuando la residencia sufre un incendio. Finalmente, consigue encontrar un apartamento barato por unos 25.000 yenes de alquiler. Yuushi acaba dándose cuenta de que el apartamento está habitado por todo tipo de criaturas fantásticas: fantasmas, yokai y mononoke. Su vida diaria no volverá a ser igual.
Los extraños sucesos que ocurren en la realidad son producidos por las pesadillas de personas que tienen un sentimiento reprimido muy fuerte. Para controlarlos, existen los Yume Tsukai, que tienen el poder de volverlos al mundo de los sueños. Las hermanas Mishima, mikos de los sueños, junto con el apoyo de su tía y los demás Yume Tsukai, deberán controlar a las pesadillas para que no se descontrolen y destruyan el mundo.
Berry es una joven obsesionada por encontrar al fantasma Zero, alguien a quien muy pocas personas ven y cuya información desaparece de inmediato de las redes cuando se genera. ¿Quién es? ¿Por qué es un fantasma? ¿Por qué roba Love como dicen todos?
El protagonista de la historia es James Moriarty, el famoso antagonista de la serie Sherlock Holmes de Sir Arthur Conan Doyle. En el manga, es un huérfano que asume el nombre de William James Moriarty cuando él y su hermano menor son adoptados en la familia Moriarty. Cuando es adulto, busca eliminar los males causados por el estricto sistema de clases de Inglaterra.
Yoshino y Mahiro son amigos de la infancia. Cuando la familia de Mahiro es asesinada, éste decide investigar el caso y desaparece. Al mes, una mujer llamada Evangeline Yamato, confronta a su amigo sobre su paradero. Ella le explica que en los lugares a los que Mahiro había ido se habían desencadenado epidemias. Es entonces, cuando Mahiro reaparece y rescata a su amigo. Tal parece que hizo un pacto con una poderosa hechicera para encontrar al asesino de su familia.
La historia de Koyomi Araragi comienza con su encuentro con el vampiro todopoderoso, Shinobu Oshino. Su trágico encuentro da como resultado el final de la vida de Araragi como ser humano y su posterior renacimiento como vampiro. Sin embargo, este encuentro es solo el comienzo de sus intromisiones con lo sobrenatural. La personalidad noble de Koyomi finalmente lo va implicado más en las vidas de otros con aflicciones sobrenaturales. Este es su intento desesperado de tener una vida normal, en un mundo paranormal lleno de tragedia, sufrimiento e inhumanidad.
