Resumen de Complot: Catorce años después de derrotar al guerrero inmortal Himuro Genma y frustrar el Shogun de los malos proyectos de Dark, Kibagami el Jubei sigue vagando por todas partes de Japón como un esgrimidor masterless. Durante su viaje, él encuentra Shigure, una sacerdotisa que nunca ha visto el exterior mundial su pueblo. Pero cuando un grupo de demonios destruye el pueblo y mata a cada uno, Jubei se hace un objetivo principal después de adquirir la Joya de Dragón - una piedra con un origen desconocido. Mientras tanto, Shigure - junto con el monje Dakuan y un ladrón joven llamó Tsubute - viajes al pueblo de Yagyu. Y con dos clanes de demonio que ahora persiguen Shigure, Dakuan debe adquirir otra vez los servicios de Jubei para proteger a la Sacerdotisa de la Luz.
La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.
Ryuma no está solo en sus aventuras con la espada; Freya, una superviviente anterior de un importante ataque de un dragón, y Cyrano, un hábil espadachín, también están presentes en el viaje.
La historia está centrada en jushiki (ecuaciones mágicas), ecuaciones que rigen la constante “h” cuántica de acción, cambian las leyes de la física a escala local, provocan explosiones de trinitrotolueno y gas venenoso, y causan increíbles fenómenos físicos como plasma o fusión nuclear. Dos jushikishi (usuarios de ecuaciones mágicas) que usan jushiki en batalla son Gayus (que se enfrenta con tacto a la mala suerte) y la hermosa pero cruel espadachina Gigina. Estos dos cazadores de recompensas se ven atrapados en una batalla contra dragones en la ciudad de Eridana y en las intrigas de grandes naciones.
Aprender a domar y montar dragones es algo sencillo para la mayoría de estudiantes de la academia Ansarivan Dragonar, a excepción de para Ash Blake de primero, chico que es conocido por sus compañeros por ser toda una fuente de problemas. Ash es el hazmerreír de la escuela, y es que aunque tiene una enorme estrella que le señala como un futuro señor de los dragones, no parece que tenga ninguna capacidad para serlo. De hecho, su dragón no ha aparecido nunca.
Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.
